В сентябре 1999 года по инициативе В.В. Путина в целях социальной поддержки военнослужащих (сотрудников) министерств и ведомств Российской Федерации, в которых законом предусмотрена военная служба, членов их семей, ветеранов военной службы и иных категорий российских граждан был создан Общероссийский Национальный Военный Фонд.

Фонд является общественным объединением, осуществляющим благотворительную деятельность за счет добровольных пожертвований юридических и физических лиц. Региональные отделения Фонда действуют в 66 субъектах Российской Федерации.
Работа Фонда неоднократно положительно оценивалась Президентом Российской Федерации В.В. Путиным, почившим Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, руководителями субъектов Российской Федерации, силовых министерств и ведомств, военнослужащими, сотрудниками и членами их семей.

Достигнутые Фондом результаты благотворительной деятельности и авторитет общественного объединения послужили основанием для расширений его функций. Начиная с 2007 года, на основании распоряжений Президента РФ Фонду предоставляется право проводить ежегодный Конкурс среди российских некоммерческих организаций на получение грантов для осуществления социально значимых проектов. Указанные дополнительные полномочия 19 апреля 2007 года утверждены Общим собранием участников Фонда, тогда же были внесены изменения в его наименование и Устав, и с 4 мая 2007 года Фонд зарегистрирован Федеральной регистрационной службой России под названием Общероссийский общественный фонд«Национальный благотворительный фонд».
В соответствии с разъяснениями Федеральной регистрационной службы от 12 июля 2007 года № 6-971 изменение названия и Устава Фонда не свидетельствуют о его реорганизации в соответствии со статьей 57 Гражданского кодекса Российской Федерации и не требуют определения правопреемства, поскольку Национальный благотворительный фонд и Национальный Военный Фонд в данном случае – одно и то же юридическое лицо.

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 25 декабря 2002 года №926, Национальный Военный Фонд отнесен к благотворительным организациям, осуществляющим единовременную материальную помощь физическим лицам в виде гуманитарной помощи, а также в виде благотворительной помощи, суммы которой не подлежат налогообложению, полностью применимо к Национальному благотворительному фонду.

Фонд работает под патронатом Главы государства, в контакте с Администрацией Президента России, его полномочными представителями в федеральных округах, руководителями субъектов Российской Федерации, силовыми министерствами и ведомствами.

Встреча Президента Российской Федерации В.В. Путина с Президентом Общероссийского Национального Военного Фонда А.А. Моляковым, 4 ноября 2005 года, Москва, Кремль